Den mest berömda målningen som konsttjuvarna fick med sig under det sju minuter långa ingreppet var Pablo Picassos "Kvinnohuvud" som konstnären gav som en gåva till det grekiska folket för deras ihärdiga kamp mot fascismen.
De övriga två verken var ett tidigt landskap målat av Piet Mondrian och en skiss av den italienske 1500-tals konstnären Guglielmo Caccia, mer känd som Moncalvo.
Läs: Två stulna målningar på auktion
Stölden inträffade 2012 under den sista dagen på en utställning som visade verk av bland andra storheter som Rembrandt och Albrecht Dürer. Tjuvarna gäckade museets säkerhetsvakter genom att utlösa larmet vid flertal tillfällen efter varandra.
Redan i februari i år fick polisen indikationer om att konstens fanns kvar i Grekland vilket åter intensifierade sökandet.
Två av de tre målningarna hittades inplastade i en skreva under en buske i samband med att en 49-årig man greps och erkände brotten men samtidigt hänvisade till hans kärlek för konsten, kanske i hopp om en mildare dom.
Målningarna är nu tillbaka på museet som öppnade i mars efter nio års renovering, medan den tredje målningen, skissen av Moncalvo, dessvärre uppges vara förstörd.
– Picasso dedikerade målningen till det grekiska folket. En grek stal den. Greker tog tillbaka den, sa Greklands minister för medborgarskydd Michalis Chrisochoidis i en presskonferens.
Det är den andra segern för såväl den grekiska polisen som den grekiska befolkningen, som för inte så länge sedan fick tillbaka ett en stulen skulptur från romartiden.
